Es una institución de servicios diagnósticos, docencia e investigación, donde los materiales patológicos evaluados son utilizados para el estudio investigativo original y la enseñanza especialmente en el pre y post grado de las carreras médicas.
La base estructural del andamiaje investigativo y docente es la evaluación diagnostica precisa y moderna de las biopsias y especímenes examinados en la institución. Los materiales provienen de instituciones asistenciales públicas y privadas del país.

La justificación de la institución se relaciona con la necesidad de promover la investigación científica en el Paraguay, sobre todo en temas locales de relevancia directamente relacionados con la interacción del ser humano con su entorno ecológico

La descripción detallada de nuevas enfermedades descubiertas en el Paraguay permitirá un mejoramiento del manejo clínico y terapéutico de los pacientes así como su sobre vida.

La identificación de factores causales ambientales o genéticos serán útiles para establecer programas de prevención de la enfermedad. Estos nuevos datos generados a partir de los casos de rutina o especiales diagnosticados en la institución facilitarán la transmisión de nuevos conocimientos a las clases medicas y no medicas del Paraguay, a sus investigadores, y a los médicos e investigadores del mundo.

El IPI es una institución independiente auto financiada con la oferta de sus servicios y la colaboración investigativa técnica de profesionales patologos y docentes de centros de investigación científica de Europa y los Estados Unidos de America (1, ver lista de investigadores colaboradores y sus intituciones).